Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, secara tidak sengaja ia menjadi saksi dari kegiatan ilegal yang mengganggu. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga para pria memberinya dosis obat eksperimental yang dirumuskan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya untuk mati. Namun, dengan keheranannya sendiri, Shinichi tetap hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun. Dengan mempertahankan kecerdasannya yang asli, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya, Ran Mouri, dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk mencapai tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa. Detective Conan mengikuti perjalanan Shinichi yang, sebagai Conan, secara rahasia memecahkan kasus-kasus Mouri yang lebih tua dari balik layar dengan keterampilan detektifnya yang masih luar biasa, sambil secara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, dengan harapan dapat membalikkan efek obat suatu hari nanti.